感染性心内膜炎需要与系统性红斑狼疮、金黄色葡萄球菌性肺炎等疾病鉴别。

1、系统性红斑狼疮：主要表现以发热和蝶形红斑、手指及掌腹部红色痛性结节、甲周红斑、皮肤溃疡等皮肤与黏膜症状为主，还可以有关节痛及活动限制、肌无力等表现。血常规检查显示血红蛋白含量降低、白细胞计数减少、血小板降低。免疫学检查显示高蛋白球血症、补体C3、C4升高。抗核抗体、抗dsDNA抗体阳性。病理组织活检显示皮肤狼疮带试验阳性，可鉴别诊断。

2、金黄色葡萄球菌性肺炎：多有寒战、高热，体温高达39℃-40℃，咳嗽、咳痰、胸痛，同时还具有全身酸痛、乏力等全身感染中毒症状。血常规检查显示白细胞计数和中性粒细胞计数升高，可有核左移。胸部X线显示肺叶和肺段实变，可形成空洞或小叶状浸润。严重者可出现胸腔积液，血培养检查可显示有病原菌的存在，即可确诊。