冠状病毒感染需要鉴别的疾病有急性上呼吸道、细菌性肺炎、支原体肺炎、流感等。

1、急性上呼吸道（俗称感冒）：感冒多由腺病毒，鼻病毒和4种普通冠状病毒等引起，主要症状为打喷嚏，流鼻涕和咽痛等发热不常出现，而新型冠状病毒的主要症状是发热，乏力和干咳。

2、细菌性肺炎：通常起病急，起病前多有受凉、淋雨、疲劳等诱因。冠状病毒感染痰少为刺激性干咳，而细菌性肺炎会有大量的脓性痰液，且使用抗生素如青霉素治疗有效，病毒感染需抗病毒。

3、支原体肺炎：血细胞检查以中性粒细胞增高为主，冠状病毒感染以淋巴细胞为主。并且血清支原体抗体阳性，培养分离出支原体，而冠状病毒感染则培养分离出病毒。

4、流感：是由流感病毒引起的，容易发生于每年的暖冬季节具有明显的季节性，并且呼吸道症状咳嗽流涕明显。而冠状病毒感染季节性并不十分明显以发热，乏力和干咳为主。