新生儿肝炎综合征需要与以下疾病进行鉴别：

1、新生儿胆道闭锁：生后黄疸持续加重，大便发白，胆管造影有助于明确诊断。

2、Lucey-Driscoll综合征：即家族性暂时性新生儿黄疸。某些母亲所生的所有新生儿在生后48小时内表现为严重的高未结合胆红素血症，其原因为妊娠后期孕妇血清中存在一种性质尚未明确的葡萄糖醛酸转移酶抑制物，使新生儿肝脏葡萄糖醛酸转移酶活性被抑制。本病有家族史，新生儿早期黄疸重，2-3周自然消退。

3、先天性甲状腺功能低下：甲状腺功能低下时，肝脏UDPGT活性降低可持续数周至数月；甲状腺功能低下时还可以影响肝脏胆红素的摄取和转运；经甲状腺素治疗后，黄疸常明显缓解。

4、21-三体综合征：除智能落后、特殊面容、生长发育障碍外，常伴有血胆红素升高或生理性黄疸消退延迟，一般通过临床表现和基因型检测可与新生儿肝炎综合征鉴别。