鼻恶性肉芽肿需要与萎缩性鼻炎、鼻结核、Wegener肉芽肿等疾病鉴别。

1、萎缩性鼻炎：症状与本病前驱期相似，检查见下鼻甲萎缩变小，常有脓涕、干痂，但很少会有溃疡、糜烂与肉芽形成，一般不致病变扩展至面中部如眶、腭等，更不会有全身发热现象，鼻内活检易鉴别两者。

2、鼻结核：结核损害形式多样，包括溃疡、糜烂、水肿、坏死、肉芽形成、结核瘤、干酪样病变等，可作鼻腔分泌物涂片，细菌培养查结核分枝杆菌，同时需检查有无肺部及其他部位的结核灶，但与本病鉴别的金标准仍是活检结果。

3、Wegener肉芽肿：为自身免疫性坏死性肉芽肿感染，长时期被认为与本病是同类疾患，现在多认为它与本病有别，除了病理组织呈现全身性血管炎外，常伴有肾小球肾炎和肺病变。近年报道在患者血清中检测出抗中性粒细胞胞质抗体，认为抗中性粒细胞胞质抗体阳性是Wegener肉芽肿的特异性指标。