孢子丝菌病需要鉴别的疾病有皮肤结核、着色芽生菌病、梅毒树胶肿、脓皮病等。

1、皮肤结核：病程缓慢，好发于手背及指背、前臂、踝部及臀部等处。皮疹初为暗红色小丘疹及小结节，逐渐增多，并向外扩展，基地浸润，形成盘状、环型，边缘清楚，且隆起，呈疣状增生，中心部分形成萎缩性瘢痕。挤压损害处，可有脓液排出。

2、着色芽生菌病：损害多发生于单侧手足、下肢和前臂，起病前多有外伤史。初发损害为紫红色丘疹和结节，逐渐向周围扩大，融合成斑块，表面疣状或乳头瘤样增生。压之有少量脓液溢出，皮损表面常有黑点。皮损边缘清楚，周围绕以紫红色浸润带。

3、梅毒树胶肿：是梅毒的特征性病变。病灶呈灰白色，大小不一，但质韧而有弹性，似树胶状。

4、脓皮病：早期仅表现为红斑或肿块，但逐渐会发展为脓疱，当脓排出后可发生结痂。患者可伴有搔痒。脓皮病痊愈后往往不留疤痕，但病中如果抓挠患处可迅速向其他部位播散。