宫颈囊肿需要与子宫颈微小腺瘤（癌）、子宫颈内膜异位症、宫颈癌等疾病相鉴别。

1、子宫颈微小腺瘤（癌）：子宫颈发现紫褐色结节，质地较硬，常伴稀水样白带，病理活检可见腺体结构的异常、腺上皮的异型大于腺体异型增生，可见有明显的筛状增生，乳头状增生、腺体扭曲等异常。有时可见正常宫颈腺上皮向异型腺上皮的突然转变，这是诊断宫颈原位腺癌的重要线索之一。

2、子宫颈内膜异位症：在进行妇科检查时会发现，子宫颈发现紫褐色结节，质地较硬，常伴痛经，与宫颈囊肿不同的是刺破后有褐色出血，病理可见子宫内膜异位症腺体。

3、宫颈癌：是妇科常见的恶性肿瘤，可能是由于性生活过于频繁、不洁性生活、分娩次数增多、宫颈多次创伤、病毒感染等有一定关系。但是在宫颈癌早期时，女性多无明显症状和体征出现。随着病情的发展，患者多会出现接触性阴道流血、不规则阴道流血、阴道异常排液等症状，一般通过阴道镜及组织活检进行鉴别区分。