单纯性甲状腺肿的病因包括缺碘、致甲状腺肿物质、碘摄入过多、遗传与免疫等。

1、缺碘：是引起单纯性甲状腺肿的主要原因之一。由于缺碘或青春发育、哺乳、寒冷、外伤等情况，机体对甲状腺激素需要量增加, 造成碘摄入相对或绝对不足，引起甲状腺激素生成减少，从而刺激垂体，分泌大量促甲状腺激素, 使甲状腺肿大。

2、致甲状腺肿物质：有些食物，如胡萝卜类中含有致甲状腺肿的物质硫脲类，可以阻断甲状腺激素的合成，引起甲状腺肿大。地方性甲状腺肿流行区饮水中钙、镁、氟、锌等物质含量异常和甲状腺肿发生有一定关系。药物中硫氰酸钾、过氧酸钾、对氨柳酸、硫脲嘧啶类、磺胺类、保泰松、秋水仙素等，均可妨碍甲状腺素的合成而导致甲状腺肿。

3、碘摄入过多：摄入过多碘离子占据过氧化酶活性基 ,使酪氨酸被氧化机会减少, 以致甲状腺激素量减少，刺激垂体分泌过多促甲状腺素，可使甲状腺肿大。

4、遗传与免疫：家族性甲状腺肿的原因是激素合成中有关酶（如过氧化物酶）的遗传性缺乏。