低位肛瘘的治疗主要包括药物治疗、手术治疗、中医治疗及其他治疗。

一、药物治疗

常见药物：三黄膏、鱼石脂软膏等

肛瘘目前没有药物能彻底治愈，只能缓解感染症状。

在肛瘘发病期间可用三黄膏、鱼石脂软膏，能起到一定消炎作用。

二、手术治疗

手术治疗为最佳的治疗手段，可以彻底清除因肛腺感染出现的肛瘘内口，从源头上治疗，使瘘管彻底愈合。手术持续时间一般为半小时左右，手术成功的关键主要在于正确找到内口，并保护肛门括约肌，使术后肛门功能不受损，且彻底治愈肛瘘。

1、肛瘘切开术：直接全程切开内口、外口和瘘管。

2、肛瘘切开远端旷置术：只切开内口和近端瘘管，将远端瘘管进行充分清创引流，该手术对于较长瘘管的患者损伤较小。

三、中医治疗

中医药对低位肛瘘的主要干预手段有中药治疗等，临床可根据具体情况选择合适的治疗方式，并配合饮食调节、心理疏导等方法综合调治。中医治疗的重点在于辨证施治，专病专方。

四、其他治疗

对于复杂性肛瘘，有的需要进行瘘管挂线多次手术。