慢性胆囊炎需要与消化性溃疡、慢性胃炎、慢性肝炎、泌尿系感染、急性胆囊炎等疾病鉴别。

1、消化性溃疡：消化性溃疡和慢性胆囊炎都具有腹痛、恶心、呕吐等，但由于溃疡发生后可自行愈合，但每于愈合后又好复发，故消化性溃疡常有上腹疼痛长期反复发作，且疼痛与进食消化时间重合。整个病程平均6-7年，有的可长达10-20年，甚至更长。

2、慢性胃炎：慢性胃炎也具有上腹部隐痛及消化道症状，但慢性胃炎是指不同病因引起的各种慢性胃黏膜炎性病变，是一种常见病，其发病率在各种胃病中居首位。可以通过纤维内镜明确诊断。

3、慢性肝炎：慢性肝炎是指由不同病因引起的，病程至少持续超过6个月以上的肝脏坏死和炎症，如感染肝炎病毒（乙肝病毒，丙肝病毒）、长期饮酒、服用肝毒性药物等。最常见的就是容易疲劳和胃部不适，容易被忽略，也容易被误认为是胃病，偶有患者出现恶心、腹胀、黄疸、尿色深，临床症状和慢性胆囊炎相似，可以通过肝功能和影像学检查进行鉴别。

4、泌尿系感染：尿路感染又称泌尿系统感染，是细菌侵入尿路上皮细胞后导致的炎症反应，通常伴随菌尿和脓尿。全身感染的症状如寒战、高热、头痛、恶心、呕吐、食欲不振等，常伴有血白细胞计数升高和血沉增快。全身症状和慢性胆囊炎相似，可以通过实验室检查包括血常规、尿常规、尿涂片镜检细菌、中段尿细菌培养+药敏、血液细菌培养+药敏、肾功能检查等鉴别二者。

5、急性胆囊炎：女性多见，主要表现为右上腹痛、发热、黄疸，起初可仅有上腹部胀痛不适，逐渐可发展为阵发性绞痛，夜间发作较为常见。