流行性角膜结膜炎的治疗包括药物治疗、中医治疗及其他治疗。

一、药物治疗

常见药物：吗啉双呱、0.2%阿糖疱苷、环胞苷、更昔洛韦滴眼液、左氧氟沙星滴眼液、典必殊滴眼液

1、吗啉双呱：用于病毒性结膜炎、流行性点状角膜炎以及其他病毒性眼部感染等，一般无特殊副作用，高浓度溶液滴眼使用次数过多时，可发生多发性上皮糜烂，对盐酸吗啉胍过敏者禁用。

2、0.2%阿糖疱苷：病毒性角膜炎及流行性结膜炎、白血病等，主要是骨髓抑制，白细胞及血小板减少，严重者可发生再生障碍性贫血或巨幼细胞性贫血，孕妇及哺乳期妇女忌用。

3、环胞苷：用于流行性角膜结膜炎及单纯疱疹性角膜炎，可有畏光、局部充血、水肿、痒或疼痛等不良反应，也可发生过敏反应眼睑水肿。长期滴用可引起接触性皮炎、点状角膜病变、滤泡性结膜炎、泪点闭塞等。

4、更昔洛韦滴眼液：主要用于治疗病毒感染引起的角膜炎，轻度眼睑水肿、结膜充血、疼痛和烧灼感等症状，对更昔洛韦过敏者禁用。

5、左氧氟沙星滴眼液：光谱抗生素滴眼液，适合于细菌感染引起的流行性角膜结膜炎，不良反应主要是过敏反应，如红肿、瘙痒等，孕妇及哺乳期妇女慎用，对左氧氟沙星或喹诺酮类药物过敏者禁用。

6、典必殊滴眼液：可在病情发作的3-4天使用糖皮质激素，有助于炎症的控制及角膜的愈合，不过在出现角膜炎症状后2周要注意停药，常见的不良反应有眼压增加。

二、中医治疗

可全身口服一些抗病毒的中成药制剂如板蓝根颗粒、连花清瘟胶囊、鱼腥草口服液等，可抑制病毒的复制，缩短疾病的病程。

三、其他治疗

对于发热病人，可以给予物理降温，淋巴结肿大者，可以给予局部理疗消肿。