沙眼衣原体抗原检测阳性可见于眼部或泌尿、生殖系统感染，需结合患者临床症状或其他检查综合判断确诊，从而进行针对性治疗。

1.沙眼：患者主要应用药物治疗，轻度可使用酞丁安滴眼剂或红霉素眼膏治疗，可有效抑制沙眼衣原体形成，控制沙眼症状；症状较重或治疗较晚的沙眼结膜肥厚显著者，可用硝酸银或硫酸铜棒擦睑结膜和穹窿结膜，擦后用生理盐水冲洗。

2.宫颈炎：一般采用药物治疗，急性宫颈炎者可选用头孢类抗生素等药物，慢性宫颈炎者要根据是否有症状做出治疗选择，轻度者可用高锰酸钾液进行阴道冲洗，用硝酸银局部上药；严重者可选用物理治疗，如电熨术、激光治疗，冷冻疗法或红外线凝结法治疗。

3.非淋菌性尿道炎、性病淋巴肉芽肿：治疗方法为全身治疗以及局部治疗，通过使用抗生素类药物控制感染外，也需用一些抗感染类药物清洗患病部位，同时需注意避免同房，保持外阴清洁干爽。其中性病淋巴肉芽肿还可配合物理疗法，如紫外线、超声波等，若并发直肠、阴道狭窄者需进行手术治疗。