生理性闭经有生殖系统疾病、心理疾病、先天发育异常等疾病原因所致，也可能由非疾病因素所致。

一、疾病因素

1、生殖系统疾病

基因突变或手术创伤会导致生理性闭经的出现，如子宫瘢痕、子宫性闭经、生殖器官缺失、生殖结构异常等。

2、心理疾病

最常见的是心理压力过大，可导致排卵和月经停止，压力缓解后月经会恢复正常。如抑郁症、焦虑症、恐惧症、强迫症。

3、先天发育异常

多是由于母亲在怀孕期间服用药物或基因突变，影响胎儿的正常发育，导致子宫、阴道发育异常，出现先天性无子宫、阴道闭锁或先天无阴道情况的出现，需要后天通过手术治疗，使其恢复正常的生理功能。

二、非疾病因素

某些药物也可能导致闭经，如长期服药避孕药，使用化疗药物、抗精神病类药物等。另外，挫伤、妊娠期、哺乳期、绝经后、医疗操作(子宫穿刺)等非疾病因素，也可引起生理性闭经。环境因素也可诱发生理性闭经的出现，如长时期处于压力较大的工作环境或学习环境中，也可导致生理性闭经的出现。