生理性闭经可能出现多囊卵巢综合征、不孕、骨质疏松症等并发症。

1、多囊卵巢综合征

由于下丘脑-垂体-卵巢轴传导过程中出现异常，引发月经停闭，即生理性闭经，进一步出现体内雌激素功能紊乱，引发多囊卵巢综合征出现。临床表现可见有月经稀发、闭经、不孕的慢性无排卵现象；有多毛、痤疮和黑棘皮病等高雄激素血征现象；肥胖。

2、不孕

月经不能正常来潮，说明子宫内膜脱落异常，由此进一步推测子宫正常的孕育胎儿的生理功能出现异常，受精卵无法正常的发育与着床，导致不孕的出现。主要表现为为一年以上未采取任何避孕措施，性生活正常而没有成功妊娠。

3、骨质疏松症

生理性闭经出现后，体内各类激素紊乱，体内正常的生理、代谢功能被影响，导致的骨密度和骨质量下降，骨微结构破坏，造成骨脆性增加，从而容易发生骨折的全身性骨病。主要临床表现为疼痛、脊柱变形、骨折三大主要症状。