小儿发热的鉴别诊断也是病因诊断和病情判断的重要环节，可根据其伴随症状和体征进行病因的鉴别诊断。

1、寒颤：常见于细菌性肺炎、脓毒症、急性胆囊炎、急性肾炎、流行性脑脊髓膜炎、疟疾、钩端螺旋体病、药物热、输液反应、急性溶血或输血反应；

2、结膜充血：常见于麻疹、流行性出血热、斑疹伤寒、钩端螺旋体病等；

3、单纯疱疹：常见于细菌性肺炎、流行性感冒、疟疾、流行性脑脊髓膜炎等；

4、淋巴结肿大：常见于传染性单核细胞增多症、风疹、淋巴结结核、局灶性化脓性感染、丝虫病、白血病、淋巴瘤、转移癌等；

5、肝脾肿大：常见于传染性单核细胞增多症、病毒性肝炎及胆道感染、疟疾、结缔组织病、白血病、淋巴瘤、黑热病、急性血吸虫病、布氏杆菌病等；

6、出血：常见于重症感染、流行性出血热、病毒性肝炎、斑疹伤寒、急性白血病、重度再生障碍性贫血、恶性组织细胞病等；

7、关节肿痛：常见于脓毒症、风湿热、结缔组织病、痛风、猩红热、布氏杆菌病等；

8、皮疹：常见于麻疹、猩红热、风疹、水痘、斑疹伤寒、风湿热、结缔组织病、药物热等；

9、昏迷：发热后昏迷常见于流行性脑脊髓膜炎、流行性乙型脑炎、斑疹伤寒、中毒型菌痢等。