新生儿便秘的原因很多，可以分为疾病因素和非疾病因素，非疾病因素主要包括人工喂养方式不当、乳量不足、没有养成排便习惯等原因导致，此类病因最为常见，另外也有疾病因素导致的新生儿便秘。

一、疾病因素

1、先天性消化道畸形

由先天性消化道畸形导致的肠道梗阻，引发新生儿便秘。主要包括：肠狭窄、先天性肠闭锁、先天性巨结肠等。

2、内分泌疾病

由内分泌疾病导致的内分泌紊乱，引起新生儿便秘，常见的有甲状腺功能减退症、先天性肾上腺皮质增生症等。

3、神经系统疾病

由神经系统疾病导致的排便反射中断，引起新生儿便秘，主要包括：脊膜膨出、大脑神经系统发育不全等。

4、先天性巨结肠

该病是由于直肠或结肠远端肠管神经节细胞缺如导致肠管持续痉挛，粪便瘀滞在近端结肠。临床上可表现为胎便排出延迟、顽固性便秘以及腹胀。

二、非疾病因素

1、乳量不足

因新生儿进食量少、呕吐较多、水分摄入不足等原因可造成新生儿便秘。

2、人工喂养

牛奶喂养的新生儿容易出现便秘，是因为牛奶经消化所含的皂钙较多，容易引起大便干结。

3、没有养成排便习惯

新生儿没有养成排便习惯，可能会导致新生儿抑制便意，造成大便在肠道内堆积，被肠道吸收其中的大量水分后，就会导致大便干燥，不易排出，从而形成便秘。