新生儿便秘的治疗主要为通便以及恢复排便功能，以药物治疗和手术治疗为主。

一、药物治疗

1、泻剂

容积性泻剂：容积性泻剂起效慢而副作用小、安全，疗效显著，包括可溶性纤维素（车前草等）和不可溶性纤维（植物纤维、木质素等）。

润滑性泻剂：比如开塞露，可以润滑肠壁，软化大便，促进粪便排出，使用方便，起效快，但为避免形成依赖，不可长期使用。

渗透性泻剂：常用的药物有乳果糖、山梨醇等，常常用于容积性泻剂疗效差的时候选择。

2、肠动力剂

此类药物可通过对抗多巴胺的抑制作用发挥促动力作用，也可改善肠动力紊乱，常用药物为多潘立酮。

3、甲状腺素

对于先天性甲状腺功能减退的患儿，可以通过补充甲状腺素等缓解症状。

二、手术治疗

先天性巨结肠、先天性肛门直肠畸形、脊膜膨出的患儿，一般都需要手术治疗，恢复其通畅性。