肝内钙化的病因助于分为疾病因素和非疾病因素。

一、疾病因素：

1、肝脏慢性疾病：肝实质内因细胞炎症、结核、创伤、脓肿或肉芽肿等因素，使肝组织局限性坏死形成的纤维化疤痕而出现肝内钙化，常见的疾病有慢性病毒性肝炎、酒精性肝病、胆汁淤积性肝病、脂肪性肝炎、自身免疫性肝炎、肝脓肿、肝结核等；

2、寄生虫感染：寄生虫感染是导致肝内钙化重要的原因之一，常见的如血吸虫、华支睾吸虫、疟原虫等感染，当寄生虫虫卵死亡而形成沉积时，也会出现肝内钙化的表现；

3、胆道疾病：引起肝内钙化的胆道疾病主要有胆管炎、胆道结石、胆囊炎等疾病，主要发病机制是胆道疾病引起代谢障碍，钙盐在正常肝组织中沉积而引起肝内钙化；

4、肝脏肿瘤：原发性或转移性肝脏肿瘤均会出现不同程度的肝内钙化，但同时出现明确的占位性病变；

5、肝内胆管结石：一般肝内胆管结石，在临床上是常见的疾病，而以泥沙状为多见，并不达到钙化程度，以阴性结石常见，偶可遇到阳性结石。这种疾病的诊断，要做静脉胆道造影，了解有无梗阻征象，是否与发现钙化相一致，结合临床症状、体征和其他化验，最后分析得出诊断。

二、非疾病因素：

1、长期营养不良：长期营养不良，全身钙磷代谢障碍，血中钙磷含量增高，钙盐在肝脏组织中沉积而出现肝内钙化；

2、工业毒物或化学药物：常见的如四氯化碳、砷、甲基多巴、四环素等化学药物，可能会出现肝组织局限性坏死形成的纤维化疤痕而出现肝内钙化。