屈光参差主要的并发症有弱视、破坏立体视功能等。

1、弱视：弱视是指单眼或双眼最佳矫正视力低于相应年龄的视力，但眼部检查无器质性病变，这是视觉发育期由于异常的视觉经验引起的。在视力相差较大的情况下，患者会利用较好的眼睛看事物，而被废用的眼则可能会发展成为弱视。

2、破坏立体视功能：双眼单视分为三级，即一级同时视，二级融合视，三级立体视。同时视指由双眼视网膜传给大脑的信号，不是两眼交替接受，而是同时接受。融合视是在双眼同时视的基础上，大脑中枢将落于两眼视网膜上的物像综合成为一个完整物像。立体视是在具备以上两级视功能的基础上较为独立的具有三维空间的视觉功能，是双眼的调节与集合在视中枢指令下的更高一层次的生理功能。患者屈光参差较严重时，可破坏立体视功能。