先天性巨结肠是由于直肠或结肠远端的肠管持续痉挛，粪便淤滞在近端结肠，使该肠管肥厚、扩张，其常见的并发症有：

1、小肠结肠炎：为本病的常见并发症，可见于任何年龄，尤其是新生儿。由于远端肠梗阻高度扩张，肠腔内压增高导致肠黏膜缺血，同时降低了黏膜的屏障作用，使粪便的代谢产物、细菌、毒素进入血液循环，患儿出现高热、高度腹胀呕吐排出恶臭并带血的稀便。肠黏膜缺血处可产生水肿、溃疡，引起血便及肠穿孔。重者炎症侵犯肌层，出现浆膜充血、水肿增厚导致渗出性腹膜炎。由于吐泻及扩张肠管内大量肠液的积存，迅速出现脱水和酸中毒，死亡率极高。

2、肠穿孔：多见于新生儿，常见的穿孔部位为乙状结肠和盲肠。

3、继发感染：如败血症肺炎等。

参考资料：[1]王卫平.儿科学.第8版[M].北京.人民卫生出版社.2013.