沙眼衣原体DNA阳性一般是由疾病因素引起，包括眼部疾病、泌尿生殖道疾病、肺部疾病等，患者应根据病因进行针对性治疗，具体如下：

1.眼部疾病：如沙眼及包涵体结膜炎，治疗方法为抗生素类药物治疗，目的是杀灭衣原体，控制感染，同时加强对患者的健康教育，注意个人卫生，保持眼部清洁，切勿用手揉眼睛。

2.泌尿生殖道疾病：如非淋菌性尿道炎、阴道炎、性病淋巴肉芽肿，治疗方法为全身治疗以及局部治疗，通过使用抗生素类药物控制感染外，也需用一些抗感染类药物清洗患病部位，同时需注意避免同房，保持外阴清洁干爽；对于性病淋巴肉芽肿患者可配合物理疗法，如紫外线、超声波等，若并发直肠、阴道狭窄者需进行手术治疗。

3.肺部疾病：如沙眼衣原体肺炎，主要以药物治疗为主，临床上常用磺胺二甲基异恶唑或乙基琥珀酸红霉素，同时要注意个人卫生，防止二次感染。