第三腰椎横突综合征需要与脊柱肿瘤、腰椎间盘突出症、腰椎结核、肾周围炎等疾病鉴别判断。

1、脊柱肿瘤：病人腰痛呈进行性加重，平卧不能减轻。伴有贫血和恶病质，血沉增快、碱性或酸性磷酸酶升高。X线平片显示骨破坏，CT和MRI均可鉴别。

2、腰椎间盘突出症：除腰痛外可伴患肢坐骨神经痛，呈阵发性加剧，直腿抬高试验受限，棘旁压痛伴患肢放射痛等，腰椎CT、MRI可见突出的椎间盘。

3、腰椎结核：有结核病史或接触史。常有午后低热、乏力等全身中毒症状，血沉增快。X线片上有明显的骨破坏，受累的椎体间隙变窄，病灶旁有寒性脓肿阴影。

4、肾周围炎：腰痛伴发热，血白细胞数增高，尿常规检查有白细胞，肾区叩击痛。通过CT等影像学检查可与第三腰椎横突综合征进行鉴别。

5、妇科疾病：女性腰痛伴周期性改变者可引起腰部疼痛。可通过相应检查，如CT、MRI等检查进行鉴别。