慢性肾炎需要与继发性肾小球疾病、Alport综合征、原发性高血压肾损害、慢性肾盂肾炎等疾病鉴别。

1、继发性肾小球疾病：如狼疮肾炎、糖尿病肾病等，会伴随其他原发病史和临床表现，可进行鉴别。如狼疮肾炎患者会伴随系统性红斑狼疮病史，糖尿病肾病患者既往会伴随糖尿病病史。

2、Alport综合征：此病属于遗传性疾病，多有家族史，常起病于青少年，可出现眼球形晶状体、神经性耳聋等损害，而慢性肾炎一般不会出现眼、耳症状。

3、原发性高血压肾损害：此病先有较长期的高血压病史，随后出现肾损害，且常伴随有高血压的其他靶器官（心、脑）并发症和眼底改变。

4、慢性肾盂肾炎：此病多有反复发作的泌尿系统感染病史，并有影像学及肾功能异常。