腱鞘囊肿的鉴别诊断有脂肪瘤、神经瘤、血管瘤等。

1、脂肪瘤：通常好发于躯干、四肢及腹腔等部位，其中手部常见。脂肪瘤和周围组织之间的境界与很清楚，其质地较软，生长缓慢，大多数体积都较小。

2、神经瘤：临床上通常指来自神经鞘组织的聚神经鞘瘤，多数位于肢体、腋窝，也可位于锁骨上、颈等部位。属良性肿瘤，生长缓慢，切除后一般无复发。位于肢体肿物，呈梭形，其神经于支配的肢体远侧常有麻木、疼痛、感觉过敏等症状，压迫瘤体与时可引起麻木疼痛。

3、血管瘤：表现为无自觉症状、生长缓慢的柔软肿块。生于手部的表浅肿瘤，表面皮肤或黏膜呈暗青色，深部者，皮色可正常。触诊时肿块柔软，边界不清，无压痛。挤压时肿块缩小，压力解除后则恢复原来大小。