眼肌麻痹性偏头痛需要与以下疾病鉴别：

1、痛性眼肌麻痹：临床表现与眼肌麻痹性偏头痛非常相似，但痛性眼肌麻痹发病前常有感染及发热史，除眼肌麻痹外常伴有视神经及三叉神经眼支损害，头痛大多呈持续性，很少自行缓解，对激素敏感。根据实验室检查、CT及颈动脉造影检查可鉴别。

2、颅内动脉瘤：是由于局部血管异常改变产生的脑血管瘤样突起，是引起自发性蛛网膜下腔出血的最常见原因，其临床表现以头痛及占位症状为主，头痛无特异性，多位于眶周或面部，有逐渐加重趋势。影像学检查如核磁共振、数字减影血管造影可确诊，有助于鉴别。

3、颞动脉炎：特点为病侧头部呈持续刀割样疼痛，局部触痛明显，颞浅动脉红肿、发硬呈条索状可引起动眼神经麻痹。两者可通过磁共振检查进行鉴别。