肾盂肾炎需要与肾结核、慢性肾小球肾炎、前列腺炎等疾病鉴别。

1、肾结核：是最常见的肺外结核，急性期有低热、盗汗、乏力、腰痛、尿频、尿急、尿痛、血尿等症状，约20%病例可无临床表现，尿结核培养检出率高达90%以上，多聚酶联反应法检测尿结核杆菌的脱氧核糖核酸，其特异性，阳性率高达95%。

2、慢性肾小球肾炎：本病可有浮肿，蛋白尿量相对较多。通过尿培养，长期观察患者有无低热、尿频等症状等鉴别，晚期肾炎继发泌尿道感染，鉴别困难，此时可详细病史，结合临床特点加以分析。

3、前列腺炎：50岁以上的男性因有前列腺增生、肥大，放置导尿道管、膀胱镜检等易得此病，急性前列腺炎除畏寒发热，血白细胞总数升高外，腰骶和会阴部疼痛，以致坐立不安、尿频、尿痛，尿液检查有脓细胞。