线粒体脑肌病的并发症包括肝肾衰竭、头疼、弱视等。

1、肝肾衰竭：线粒体脑肌病不仅会影响到肌肉神经系统的功能，严重时还可能会累及到循环内分泌系统，这样就有可能会造成肝肾衰竭。

2、头疼：患者一般都会出现头颅上半部分疼痛，一般头痛起病比较急，头疼的程度有轻有重，其表现形式也是多种多样的，多以胀痛、撕裂样疼痛、闷痛、电击样疼痛等为主，同时还可伴有恶心、呕吐等症状。晕眩的症状若为继发性头痛所致，还可出现发热、偏瘫、失语症、不同程度的意识障碍等症状。

3、弱视：到患者出现眼睑下垂和肌肉麻痹症状时，有可能会对两眼外侧肌造成影响，这个时候就有可能会对视力造成影响，出现弱视。患者多会出现看东西不清楚，视力下降，看到光的时候会感觉到比较刺眼，甚至还有时候会出现眼球震颤、姿势偏斜等症状。