肩关节结核需要与肩周炎、梅毒性骨软骨炎、急性化脓性关节炎等疾病鉴别。

1、肩周炎：肩周炎亦称肩关节周围炎，多发生在50岁以后，主要临床特征为肩臂疼痛，活动受限，是肩关节周围肌肉、肌腱、韧带和滑囊等软组织的慢性无菌性炎症。X线表现主要是肩关节骨质疏松，大结节或与肩峰端相对的部分发生囊性变、增生硬化，周围软组织钙化。

2、梅毒性骨软骨炎：感染的梅毒螺旋体对骨骼造成损伤导致。发病早期主要表现为局部肿胀、疼痛、皮疹，干骺处因病理性松弛导致假性瘫痪，局部形成梅毒性肉芽肿，患肢出现肌肉萎缩，关节肿胀及压痛。

3、急性化脓性关节炎：化脓性关节炎是一种由化脓性细菌直接感染，并引起关节破坏及功能丧失的关节炎，又称细菌性关节炎或败血症性关节炎。任何年龄均可发病，但好发于儿童、老年体弱和慢性关节疾患者，男性居多。