纤维肌痛综合征需要与以下疾病进行鉴别：

1、肌筋膜疼痛综合征：主诉单或多区域疼痛，受累肌肉触诊呈绷紧带状感，沿绷紧带状区走行的某点呈剧烈点状压痛，根据其疼痛的性质及伴随症状可鉴别。

2、慢性疲劳综合征：以疲劳为主要症状，有明确的发病史，因疲劳而致严重影响身体和精神功能，伴随症状为弥漫性疼痛、情绪障碍和睡眠障碍。必须详询发病史和检查多个部位的压痛点，可有助于两者的鉴别。

3、风湿性多肌痛：是一组临床综合征，表现为颈、肩胛带及骨盆带肌痛和僵硬，呈对称性，体征可有轻压痛，多见于50岁以上的人群。急性期患者实验室检查血沉升高和C-反应蛋白增加，可与之鉴别。

4、多发性肌炎：为一特发性炎症性肌病，伴有皮肤损害者称为皮肌炎，患者表现为肩胛带、骨盆带及颈肌等呈对称性疼痛和肌无力，受累肌肉逐渐出现肌萎缩，纤维肌痛综合征无肌无力及肌萎缩症状。