色素沉着绒毛结节性滑膜炎需要与以下疾病鉴别：

1、滑膜肉瘤：可表现为关节内软组织肿胀，常发生于大关节附近，肿瘤生长迅速，恶性度高，侵袭性强，溶骨性骨质破坏，边缘模糊，软组织肿块内有钙化，无硬化，无含铁血黄素沉着。

2、滑膜血管瘤：也好发于膝关节等大关节，但病变占位效应明显，侵袭性不强，可导致关节间隙增宽，而关节软骨破坏不明显，增强扫描病灶呈明显均匀的强化。

3、类风湿关节炎：好发生于四肢大关节，常对称性发病，滑膜及周围软组织弥漫性肿胀，多伴有骨质疏松和关节间隙变窄，无含铁血黄素沉着。

4、滑膜型关节结核：骨质疏松明显，滑膜增生均匀，关节非持重区骨质边缘出现局限性骨质破坏，出现死骨，与色素沉着绒毛结节性滑膜炎特点不同。

5、血友病性骨关节病：发病年龄较轻，关节反复出血，为凝血因子缺乏所致，MRI可见含铁血黄素沉着，表现为非结节性改变，而且X线以关节面变平是其特征性变化。