血钾降低所引起的一系列症状是巴特综合征的主要临床表现，但因导致低钾血症的病因及诱因极多，因此排除摄入不足或丢失过多等因素后，本病还需与以下疾病鉴别：

1、原发性醛固酮增多症：本病也会出现明显的低钾血症及其相关症状。生化检查可见血尿醛固酮均升高。此外，肾上腺影像学检查发现增生或肿瘤也是本病的主要诊断依据。这是本病与巴特综合征的主要区别。

2、Cushing综合征：本征主要分泌过多皮质醇引起保钠、排钾增强所致，临床上常出现低钾血症并代谢性碱中毒，但血压升高、向心性肥胖、皮肤紫纹、小剂量地塞米松抑制试验不被抑制等特点均可与巴特综合征相鉴别。

3、Liddle综合征：系一种常染色体显性遗传性疾病，此类高血压对醛固酮受体拮抗剂无效，

但对排钠保钾型利尿剂治疗有效，因此也称为假性醛固酮增多症。

4、先天性肾上腺皮质增生症：本征多见于儿童及青年人。此类患者常表现为皮质醇缺乏。临床上此类患者可出现明显的血钾降低及低钾性碱中毒，常合并有血压升高、但血尿醛固酮减低。

5、Fanconi综合征：表现主要为血钾降低及其相关临床表现，同时可出现肾性糖尿、肾小球与肾小管滤过间隙增大引起各种物质从尿中排出，如全氨基酸尿、磷酸盐尿等，甚至还可伴随代谢性酸中毒，这与巴特综合征发病机制完全不同。