肾结核需要与慢性肾盂肾炎、急性膀胱炎、急性肾盂肾炎、肾结石伴积水、肾肿瘤、急性前列腺炎、肾积脓等疾病鉴别。

1、慢性肾盂肾炎：也有尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激炎症，伴血尿和腰痛，但无持续性低热，症状多呈间歇性反复发作。尿的普通细菌培养可发现致病菌，结核菌素试验（OT实验）阴性，尿中无抗酸杆菌。　　

2、急性膀胱炎：也有明显的尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激症状，但常伴有下腹部及会阴部坠胀不适感，且无发热等全身症状，经抗生素治疗6天通常症状可以消失。　　

3、急性肾盂肾炎：有明显的尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激症状，伴有发热、腰痛，但无消瘦、贫血等慢性消耗症状，尿的普通细菌培养可发现致病菌，结核菌素试验（OT）试验阴性，尿中无抗酸杆菌。　　

4、肾结石伴积水：肾结石继发感染时可表现为尿频、尿急、尿痛；伴有发热，腰痛。但无持续性低热，有时可发生剧烈的肾绞痛。结核菌素试验（OT）试验阴性。尿中无抗酸杆菌。

5、肾肿瘤：也可表现为腰痛、血尿及腰腹部肿块，但尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激症状不明显，尿中无白细胞，B超检查、X线检查及CT检查可发现肾脏有占位性病变。　　

6、急性前列腺炎：有明显的尿频、尿急、尿痛，伴有发热，但常发病急促，有排尿困难或排尿淋漓，且直肠指检时前列腺有明显压痛。尿和前列腺液中有大量白细胞，用抗生素治疗后症状常迅速减轻。 　

7、肾积脓：慢性病程型肾积脓也表现为反复腰痛，常伴盗汗、贫血和消瘦，尿液中有大量脓细胞，且普通细菌培养呈阳性，尿中无抗酸杆菌。CT肾扫描则可显示肾实质中有边缘模糊的混合密度肿块。