肝总管和胆囊管汇合成胆总管，主要的生理作用是辅助控制与调节胆汁的生成、分泌和代谢，促进运输胆汁和生长发育等作用。

1、促进胆汁的新陈代谢

肝总管是胆汁流动的通路，具有提供胆汁生成、分泌、代谢通路的功能；可加速蛋白质、脂溶性维生素、碳水化合物和脂肪的分解，中和掉一部分胃酸，维持体内正常的新陈代谢。

2、促进生长发育

肝总管能够使胆汁通行顺畅、代谢顺利，并利于胃中摄入的饮食分解消化，对机体的正常生长发育起着非常重要的作用。如婴幼儿时期，体内胆汁分泌生成不足或代谢不及时，可导致骨骼和神经系统的发育障碍，表现为不思饮食、腹痛呕吐、营养不足、生长发育迟缓、身材矮小等等。

3、其他作用

肝总管所处连接的胆囊还可以储存部分胆汁，肝总管与胆囊所汇合成的胆总管根据机体具体情况调节胆汁的排出量。