亚临床甲状腺功能减退症需要与以下疾病相鉴别：

1、甲状腺功能正常的病态综合征：部分急性或慢性非甲状腺疾病会通过不同的途径来影响甲状腺激素的生成或代谢，临床表现代谢低减和交感神经反应低下，如怕冷、乏力、水肿、食欲不振、便秘等表现，测定血清T3和(或)T4值可做出诊断。

2、慢性肾炎：主要表现为蛋白尿、血尿、高血压、水肿，甲减患者也可表现为皮肤苍白、水肿、贫血，部分患者还伴有尿蛋白阳性，测定血清T3和(或)T4值可做出诊断。

3、贫血：主要表现为皮肤黏膜苍白、唇甲色淡，也可出现食欲不振、乏力等症状，甲减病人也可表现为皮肤苍白，血清学检测血清T3、T4测定、血清促甲状腺激素（TSH）测定可做出鉴别。

4、临床甲减：临床甲减的游离四碘甲状腺原氨酸和游离三碘甲状腺氨酸水平降低，而亚临床甲状腺功能减退症患者的水平正常。