肠穿孔的治疗是一种急性疾病，起病急、变化快、病情重，治疗方式包括原发病治疗、手术治疗、中医治疗。

一、原发病治疗：根据原发病不同，采用不同治疗药物。

1、十二指肠溃疡：应进行系统的抗幽门螺旋杆菌治疗，常用药物为奥美拉唑、雷尼替丁、阿莫西林等。

2、肠结核：应进行系统的抗结核治疗，常用药物为利福平、乙胺丁醇、链霉素等。

3、肠伤寒：应进行系统的抗伤寒治疗，常用药物为喹诺酮、头孢菌素等。

4、肠道肿瘤：应进行系统的抗肿瘤治疗。

二、手术治疗

穿孔的部位不同，所采取的手术方式也不同，如急性胃十二指肠溃疡穿孔，以穿孔缝合术为主要术式，在术后还需要积极配合正规的抗溃疡药物治疗。如果要进行彻底性手术，可以选择远端胃大部切除术。预估穿孔时间较短，腹腔污染轻的患者可采取腹腔镜手术的方式。穿孔时间长，估计腹腔污染严重者可以采取开腹的方式。

三、中医治疗

肠穿孔这种疾病主要是以手术治疗为主，可以在术后适当配合中医治疗，减轻肠道粘连。可以采用中医中药治疗，积极治疗原发病，防止肠穿孔的再次复发。

多数患者经过系统性治疗后，症状均会减轻或者是缓解，但仍需要在术后积极配合医生治疗，积极治疗原发病，防止下一次复发。