咽鼓管阻塞的病因包括机械性阻塞和非机械性阻塞两方面，具体如下：

一、机械性阻塞

1、腺样体肥大：与本病关系密切，咽鼓管阻塞可能是因肥大的腺样体堵塞咽鼓管咽口所致。此外，腺样体的病因作用还与其作为致病菌的潜藏处（即慢性腺样体炎）容易引起本病的反复感染有关。

2、慢性鼻窦炎：本病患者中的慢性鼻窦炎发病率较非本病患者高，以往仅将其归因于脓液堵塞咽鼓管咽口及咽口周围的黏膜和淋巴组织因脓液长期刺激而增生，导致咽口狭窄。此类患者鼻咽部sIgA活性较低，细菌得以在此繁殖亦为原因之一。

3、咽鼓管功能不良：包括咽鼓管阻塞以及咽鼓管清洁防御功能不良。

二、非机械性阻塞

1、负压作用：小儿的肌肉薄弱，软骨的弹性差，中耳容易产生负压。由于中耳负压的吸引，咽鼓管软骨段进一步向腔内下陷，管腔更为狭窄，甚者几近闭塞，如此形成恶性循环。

2、活性物质减少：由于细菌蛋白溶解酶的破坏，咽鼓管内表面活性物质减少，提高了管腔内的表面张力，影响了管腔的正常开放。