咽鼓管阻塞要与鼻咽癌、脑脊液耳漏、胆固醇肉芽肿和粘连性中耳炎相鉴别，从临床表现、影像学检查方面可鉴别：

1、鼻咽癌：因为本病可为鼻咽癌患者的首诊症状。故对成年患者，特别是一侧分泌性中耳炎，应警惕有鼻咽癌的可能。仔细做后鼻孔镜或电子鼻咽镜检查，血清中EBV-VCA-IgA的测定如为阳性，可在一定程度上作为鼻咽癌的诊断参考，而阴性者却不能因此而否定诊断。

2、脑脊液耳漏：颞骨骨折并脑脊液漏而鼓膜完整者，脑脊液聚集于鼓室内，可产生类似咽鼓管阻塞的临床表现。根据头部外伤史，鼓室液体的实验室检查结果及颞骨CT或X线拍片可进行鉴别。

3、胆固醇肉芽肿：亦称特发性血鼓室。中耳内有棕褐色液体，鼓室及乳突腔内有暗红色或棕褐色肉芽，内有含铁血黄素与胆固醇结晶溶解后形成的裂隙，伴有异物巨细胞反应。患者感听力下降、耳鸣或有耳内流血。鼓膜呈蓝色或蓝黑色，颞骨CT片示鼓室及乳突内有软组织影，少数有骨质破坏。

4、粘连性中耳炎：是慢性分泌性中耳炎的后遗症，两病症状相似，但粘连性中耳炎的病程一般较长，咽鼓管吹张治疗无效或收效甚微。