肠系膜上动脉栓塞需要与肠系膜上动脉血栓形成、肠系膜上静脉血栓形成、肠系膜上动脉慢性闭塞等疾病鉴别。

1、肠系膜上动脉血栓形成：在肠系膜动脉硬化性阻塞及狭窄的基础上发展而来，前期常有饱餐后腹痛、慢性腹泻、消瘦等症状，当血栓形成突然引起急性完全性血管阻塞时，与肠系膜上动脉阻塞有相似的临床表现，通过病史及数字减影血管造影即可鉴别。

2、肠系膜上静脉血栓形成：有腹腔感染、肝硬化门脉性高压、外伤或手术造成血管损伤等病史，疾病发展慢，有腹部不适、便秘及腹泻等前驱症状，持续一段时间后突发呕血、便血及剧烈腹痛，根据病史、症状及相关检查即可鉴别。

3、肠系膜上动脉慢性闭塞：主要原因是动脉粥样硬化，肠系膜上动脉开口附近的斑块逐渐增大导致肠缺血。有餐后腹痛、畏食和体重下降的临床三联症状，进食后不久出现弥漫性痉挛性腹痛，通过CT造影或数字减影血管造影可进行鉴别。