细菌性肝脓肿需要与阿米巴肝脓肿、血栓性门静脉炎、膈下脓肿、急性重症胆管炎、肝囊肿并发感染等疾病鉴别。

1、阿米巴肝脓肿：是由于溶组织阿米巴滋养体从肠道病变处经血流进入肝脏，使肝发生坏死而形成，多为阿米巴结肠炎的并发症，临床表现为不规则发热、盗汗，肝区压痛较轻，黄疸少见，白细胞增加不显著且以嗜酸性粒细胞居多，脓液呈巧克力色，阿米巴血清检查间接血凝法1:512、阳性(94%)(1:128为临界值，1:32为阳性）。

2、血栓性门静脉炎：继发于门静脉壁病变，血液成分改变、门静脉血流不畅，也可有轻度寒战及发热等症状，常有腹泻甚至肠道出血、脾大，可有腹水，肝脏多见明显肿大，无压痛，无黄疸。

3、膈下脓肿：全身反应较轻，寒战和间歇性高热不明显。胸壁疼痛较重，常有肩部放射痛，呼吸使疼痛加剧。B超、CT检查可鉴别。

4、急性重症胆管炎：多见于肝胆管结石患者，表现为右上腹部阵发性疼痛、寒战、高热和黄疸，有反复发作的病史。B超、CT检查可鉴别。

5、肝囊肿并发感染：常难以鉴别，肝囊肿并发感染时周围肝组织炎症反应常不明显，多有肝囊肿病史，CT肝扫描有助于诊断。