幼年特发性关节炎的并发症包括强直性脊柱炎、心包炎、慢性葡萄膜炎等。

1、强直性脊柱炎：全身型幼年特发性关节炎关节症状以膝关节最常受累，手指关节、腕肘肩踝关节也常受侵犯，反复发作数年后，部分患儿形成关节强直、脊柱强直等，与附着点炎症相关的关节炎常见。最初脊柱不易受累，但部分患儿可能逐渐进展成骶髂关节炎和脊柱炎，严重者可波及胸椎、颈椎，形成强直性脊柱炎。

2、心包炎：全身型幼年特发性关节炎大约1/3患儿可出现胸膜炎或心包炎，但无明显症状，心肌也可受累，罕见心内膜炎。

3、慢性葡萄膜炎：少关节型幼年特发性关节炎最常见的关节外表现为虹膜睫状体炎，又名慢性葡萄膜炎，约20%-30%患儿发生慢性虹膜睫状体炎而造成视力障碍，甚至失明，但有部分患者并无眼睛发红以及畏光等不适表现，仅在常规裂隙灯检查中发现葡萄膜异常。