新生儿低血糖症需要与以下几种疾病进行鉴别：

1、严重感染：败血症可导致低血糖，患儿常有发热或低体温、反应差、吸吮无力、呼吸急促或呼吸暂停、恶心呕吐、腹胀、黄疸等症状有时和低血糖不易鉴别，需要完善感染指标如C-反应蛋白、降钙素原等相关检查。

2、颅内出血：可出现嗜睡抽搐昏迷尖叫等，常常查体前囟门张力高，头部CT可鉴别。

3、新生儿低钙血症：表现为神经肌肉兴奋性增高，烦躁不安、惊跳、手足抽搐，震颤和惊厥。发作时可以出现心率增快或发绀，严重表现为喉痉挛和呼吸暂停。发作间歇时患儿一般情况良好，但肌张力稍高，腱反射增强。可通过实验室监测血糖相鉴别。

4、缺血缺氧脑病：主要表现为激惹、自发动作增多、睁眼时间长、凝视、弹足底反应少、嗜睡甚至昏迷。病情较重时可有惊厥或频繁发作惊厥，因脑水肿出现囟门张力增高。可通过颅内超声检查鉴别诊断。