先天性耳前瘘管需要与以下几种疾病进行鉴别：

1、先天性外耳道瘘：其病理特征与先天性耳前瘘管相同。但先天性耳前瘘管由第1、2鳃弓发育不良或第1鳃沟封闭不全导致发病不同，先天性外耳道瘘是由于第一鳃裂发育异常导致，通过瘘口位置即可鉴别诊断。

2、结核性溃疡：与先天性耳道瘘管相比，结核性溃疡伤口不整齐，形似鼠咬状。其抗酸染色可见结核杆菌，组织病理检查可见结核性肉芽肿，两者通过病理学检查可鉴别诊断。

3、疖肿：主要由于金黄色葡萄球菌感染，脓肿是由于单个毛囊形痛性结节化脓后形成，其位置较表浅，通过影像学检查可以鉴别诊断。

4、颈部淋巴结炎：常有上呼吸道感染等引起，可表现为寒战高热、食欲减退、乏力等全身症状，其较特异性的表现是颈部的淋巴结肿大，通过B超可以清楚显示淋巴结肿大程度、肿大数目。