慢性化脓性中耳炎的病因是急性炎症迁延不愈、咽鼓管功能异常、病变严重、深达骨质、邻近器官病变、机体抵抗力下降等。

1、急性炎症迁延不愈：急性化脓性中耳炎治疗不彻底或细菌毒力强，患者的抵抗力低，病变迁延至慢性，这是最常见的原因。

2、咽鼓管功能异常：咽鼓管功能异常，导致中耳乳突气化不良，或为本病的发生的一个解剖学因素。临床研究表明，慢性化脓性中耳炎患者中，乳突气化不良者居多。

3、病变严重、深达骨质：急性坏死性中耳炎，病变深达骨膜及骨质，组织破坏严重，导致本病发生。

4、邻近器官病变：咽部或鼻部的慢性病变，如腺样体肥大、慢性扁桃体炎、慢性鼻窦炎等反复发作导致化脓性中耳炎症也随之反复发作。

5、机体抵抗力下降：急性传染病，合并慢性病或营养不良及贫血等，特别对于婴幼儿，造成机体抵抗力下降，免疫能力低下，使急性化脓性中耳炎易演变为慢性。