新生儿巨细胞病毒感染的并发症有听力障碍、脑室周围钙化、巨细胞病毒性肝炎等。

1、听力障碍：巨细胞病毒可导致内耳不同结构的损伤，如病毒侵入迷路内淋巴液和外淋巴液，导致内耳迷路炎，引起内外毛细胞变性和坏死，形成神经性耳聋，影响听力。

2、脑室周围钙化：巨细胞病毒对脑室内层的室管膜细胞有特殊的亲和力，通过对巨细胞病毒感染者进行CT扫描发现这类小儿脑室周围有低密度病灶和或伴有局部钙化灶，这提示巨细胞病毒感染可导致中枢神经系统受累。

3、巨细胞病毒性肝炎：巨细胞病毒常不能被宿主完全清除，隐伏在宿主体内，多种情况可使感染再活化。免疫功能正常时病人常无临床症状。在T细胞免疫功能受损害时，出现再活化，引起巨细胞病毒性肝炎。