脱屑性间质性肺炎需要鉴别的疾病有普通型间质性肺炎、肺泡蛋白蓄积症、组织细胞增多症等。

1、普通型间质性肺炎：X线检查表现为分散而不规则的粗条索状阴影，肺CT上表现为周围网状影或网状结节影，不常表现为毛玻璃样的模糊阴影。在肺功能测定时，普通型间质性肺炎主要为肺活量和残气量降低，而脱屑性间质性肺炎表现为肺活量降低不明显，残气量甚至增加。

2、肺泡蛋白蓄积症：X线检查肺泡蛋白蓄积症呈双肺对称的弥漫性微细的羽毛状或淡结节状浸润阴影，呈“蝶形“，类似肺水肿。肺CT示表现为双肺斑片阴影，呈”地图样“样或铺路石症。且支气管肺灌洗液的分析显示有高脂肪和高蛋白的成分，可通过这些检查鉴别诊断。

3、组织细胞增多症：两者X线检查上病变均呈两肺弥漫分布，但组织细胞增多症X线显示特征性的囊肿和结节，同时可伴有肋骨溶骨性病变及自发性气胸等，杵壮指极少见，且组织学上呈特殊的肉芽肿病变，有助于鉴别诊断。