睾丸萎缩的病因较为复杂，主要包括疾病因素、生理因素、药物因素、环境因素、生活方式几个方面。

1、疾病因素

(1)睾丸炎：睾丸炎是指睾丸发炎。主要症状是睾丸疼痛和肿胀，睾丸长期受到炎症性病变的刺激下，有可能会导致睾丸萎缩。如腮腺炎、细菌性睾丸炎。

(2)精索静脉病变：精索静脉位于睾丸附近，此部位血管一旦发生病理性改变后，会直接影响睾丸血氧供给，继而引起睾丸萎缩的情况。如精索静脉曲张等。

(3)睾丸扭转：某些睾丸扭转患者，由于睾丸旋转会对阴囊精索形成压迫，除了会引起睾丸疼痛、肿胀等病症以外，还会影响对睾丸部位的血液输送。

(4)内分泌代谢疾病：某些内分泌代谢疾病会影响男性体内雄性激素、性激素等物质分泌，长期激素分泌不足的情况下，会导致睾丸萎缩等症状。

(5)垂体病变：垂体发生病变后，可能会导致体内黄体生成激素的生成。男性长期缺乏类型激素的状况下，睾丸会停止分泌睾丸激素，从而导致睾丸变小。如垂体性侏儒、垂体瘤等。

2、生理因素

年龄因素：男性随着年龄的增长，睾丸激素水平会降低，从而导致睾丸萎缩。还有一些先天性的因素如先天性的睾丸下降不全、睾丸异位、隐睾也会导致睾丸萎缩。

3、药物因素

类固醇药物：长期服用合成代谢类固醇或雌激素补充剂，可导致体内激素水平絮乱，继而导致睾丸萎缩。

4、环境因素

无较长时间接触放射性物质者，例如长期从事X线、同位素等放射性物质暴露者，如防护措施不到位，可能会导致睾丸萎缩。

5、生活方式

（1）不洁性行为：许多性传播疾病，会累及生殖系统内部组织，引起睾丸肿胀、疼痛、萎缩等。

（2）过度饮酒：酒精会导致睾丸激素水平低下和睾丸组织受损，从而导致睾丸萎缩。