百日咳的病因主要有邪犯肺卫，肺失宣肃、邪壅气道，肺气上逆、气阴耗伤，肺脾两虚等。

1、邪犯肺卫，肺失宣肃：邪毒从口鼻而入，侵犯肺卫，肺气失宣，表卫失和，则咳嗽、流涕，或有发热。

2、邪壅气道，肺气上逆：疫邪化火，痰火胶结，气道阻塞，气冲上逆，则咳嗽阵作，甚则连咳数十声；痰涎吐出后，气道通畅，咳嗽暂时缓解。病久影响他脏，犯胃则胃失通降，而见呕吐；肺与大肠相表里，肺为水之上源，肺气宣降失常，大肠、膀胱亦随之失约，故咳剧则二便失禁；若引动心、肝之火，乘肺则衄血、咯血；婴幼儿体禀不足，肺气娇弱，痰热蕴阻，肺气闭郁，可产生咳喘气促之肺炎喘嗽；若痰浊内阻，痰盛生惊，则可见昏迷、抽搐之变证。

3、气阴耗伤，肺脾两虚：病至后期，邪气渐退，气阴耗伤，可见肺脾气虚或肺阴亏损。

参考资料：[1]马融.中医儿科学.第4版[M].北京.中国中医药出版社.2016.