引起生殖道和生殖腺感染的病原体有淋病奈瑟菌、结核杆菌、病毒、支原体、沙眼衣原体、滴虫及其他非特异性致病菌，其中以支原体和衣原体引起的生殖道和生殖腺感染最为常见。

病原体感染可致少精子症。其主要机制是损伤睾丸的生精上皮，影响精子生成，此外感染的炎性反应可造成精道阻塞。

1、沙眼衣原体常引起睾丸炎症细胞的浸润，损害精子的生成。

2、弓形虫是一种专性细胞内寄生的球虫，在人体内凡有核的细胞均可寄生与繁殖，并导致细胞死亡弓形虫侵入生殖系统后，常呈隐性感染，无明显临床症状及体征，弓形虫侵入睾丸内各级生精细胞，并在生精细胞内寄生、繁殖，最后导致这些生精细胞的分裂障碍及死亡，引起男性不育。

3、生殖系结核可使精子发生抑制和运输受阻等，感染严重者可因睾丸炎症引起睾丸萎缩。

4、生殖道感染可导致输精管道梗阻而造成无精子症。结核杆菌可侵袭输精管及附睾，使输精管壁增厚变硬呈串珠样改变。

除上述外，淋病双球菌可破坏附睾尾部，丝虫感染累及附睾及输精管，造成精道阻塞。