由内脏器官疾病引起的神经认知障碍叫做内脏器官疾病伴发神经认知障碍。在消化系统主要有：

1、肝豆状核变性：称为威尔逊病，是一种铜代谢障碍导致脑基底核变性和肝功能损害的常染色体隐性遗传病。主要的病理生理变化是血浆铜蓝蛋白减少，导致铜沉积在豆状核、肝脏、角膜和肾脏。

发病机制可能与铜大量蓄积于脑内，神经基底节受累有关。临床上表现为进行性加重锥体外系症状、角膜色素环肝硬化、肾功能损害和精神症状。

2、肝性脑病：是由严重肝病引起，以代谢紊乱为基础的中枢神经系统功能失调综合征。70%肝性脑病是由各型肝硬化引起，多为慢性肝性脑病，小部分肝性脑病见于重症病毒性肝炎原发性肝癌、中毒性肝炎和药物性肝炎的急性或暴发性肝功能衰竭阶段，多为发展迅速的急性肝性脑病。

3、胰腺疾病所致精神障碍：急性胰腺炎、慢性胰腺炎和胰腺癌均可导致精神障碍。急性胰腺炎时往往由于胰腺出血或坏死引起肝、肾、呼吸等多脏器功能不全/功能衰竭，引起肝性脑病、尿毒症，从而严重影响脑功能，加之脑循环障碍、电解质紊乱和酸中毒等因素加重脑功能障碍从而更易促发精神症状。