此病的药物治疗原则比较复杂，涉及多类别的多种药物。已有的资料提示，分裂情感性障碍的治疗在很大程度上与精神分裂症和心境障碍的治疗一致，应针对主要症状使用抗精神病药物、心境稳定剂和抗抑郁药。

作为双相障碍治疗基石的情绪稳定剂（锂盐、丙戊酸盐及卡马西平等）在此病的治疗中起重要作用。临床实践中，情绪稳定剂常单独（或联合）与抗精神病药物和（或）抗抑郁药物合用有的难治性患者可能需要情绪稳定剂、抗精神病药物及抗抑郁药物的联合治疗。

在分裂情感性障碍的躁狂发作期，常需中、高剂量的药物来控制症状；进入维持期，可以使用低中剂量以避免或减少药物不良反应。

分裂情感性障碍抑郁发作期的治疗可以参考双相障碍抑郁发作的抗抑郁药选药方案，同时需合用抗精神病药物。应注意抗抑郁药可能诱发快速循环发作和转相。抗抑郁药的选择要参考以往治疗的效果。

对难治患者，可以参考难治性精神分裂症和难治性心境障碍的治疗程序。治疗期间应定期评估症状、监测血药浓度及甲状腺功能、肾功能及血常规等指标，适时调整治疗方案。

家庭治疗、社会技能训练及认知康复治疗有益。由于患者症状范围的巨大变化常使得家庭成员难以适应疾病的变化及患者的需求。因此，应向患者及家属解释疾病的性质、诊断和预后的不确定性，提高治疗依从性。