当PTSD的诊断确定后，药物治疗是重要的干预手段之一。理想的药物治疗是能够消除PTSD的四大核心症状，但目前尚无药物对PTSD的各组症状群都能产生满意疗效。

目前多数关于PTSD的药物治疗，还是使用抗抑郁药和抗焦虑药，也就是对症治疗。药物治疗对PTSD患者至少有三种潜在的益处：改善症状、治疗共患疾病、减轻那些干扰心理治疗和(或)日常功能的相关症状。

选择性5-羟色胺再摄取抑制剂(SSRIs)类抗抑郁药的疗效和安全性好，不良反应轻。被推荐为PTSD的一线用药。氟西汀、帕罗西汀、舍曲林拥有较多的证据。也有证据表明选择性5-羟色胺和去甲肾上腺素再摄取抑制剂(SNRIs)类药物对PTD有较好的疗效。

抗抑郁药治疗不仅能改善患者存在的睡眠障碍、抑郁焦虑症状，也能减轻侵入性症状和回避症状。

抗焦虑药能降低PTSD患者的警觉度、改善恐惧症状和抑制记忆再现。对苯二草类使用有争议，目前认为苯二氮草类可慎用于并发惊恐障碍但没有精神活性物质滥用史的PTSD患者。

在临床上，根据PTSD的症状以及共患病情况，还可选择抗肾上腺素能药物改善警觉过高、分离症状等。